Landasan iman Kristiani menjadi dasar utama dalam seluruh penyelenggaraan pendidikan di program studi ini. Artinya, nilai-nilai kekristenan tidak hanya diajarkan sebagai materi akademik, tetapi juga dihidupi dalam proses pembentukan karakter mahasiswa. Berbasis penelitian berarti setiap pengembangan kurikulum, metode pengajaran, serta pengabdian kepada masyarakat dilakukan dengan pendekatan ilmiah yang sistematis dan dapat dipertanggungjawabkan secara akademik. Selain itu, sikap responsif terhadap dinamika zaman menunjukkan bahwa program studi ini terbuka terhadap perubahan sosial, perkembangan teknologi, dan tantangan pendidikan masa kini, sehingga lulusan mampu menjawab kebutuhan gereja, sekolah, dan masyarakat secara relevan.

Program Studi Magister Pendidikan Agama Kristen berakar pada Alkitab sebagai sumber kebenaran utama. Hal ini berarti bahwa seluruh kurikulum, penelitian, serta kegiatan pengabdian kepada masyarakat diarahkan dan diselaraskan dengan prinsip-prinsip firman Tuhan. Dengan dasar tersebut, proses pendidikan tidak hanya bertujuan menghasilkan lulusan yang cakap secara intelektual, tetapi juga memiliki integritas rohani dan moral yang kuat. Mahasiswa dipersiapkan menjadi pendidik dan pemimpin Kristen yang mampu mengajar dengan kompeten, membimbing dengan kasih, serta memimpin dengan keteladanan.

Pendidikan pada jenjang Magister (S2) ini ditempuh selama 2 tahun masa studi atau setara dengan 4 semester. Dalam rentang waktu tersebut, mahasiswa mengikuti berbagai mata kuliah lanjutan, seminar, penelitian, serta penyusunan tesis sebagai puncak karya ilmiah. Proses ini dirancang untuk memperdalam wawasan teoretis sekaligus memperkaya pengalaman praktis dalam bidang Pendidikan Agama Kristen. Dengan menyelesaikan seluruh persyaratan akademik yang telah ditetapkan, lulusan diharapkan mampu memberikan kontribusi nyata dalam pengembangan pendidikan Kristen yang bermutu, kontekstual, dan berdampak luas bagi gereja dan masyarakat